VarScan 2.3.4

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VarScan 2.3.4

轻松识别单核苷酸多态性与这个应用程序

VarScan是一个基于Java的工具，是专门设计为一个平台，独立于技术的实用程序，用于确定在大规模并行测序的个人和混合样品的SNP位点和INDELS。

由于单个样本中的神器出山:www.shenqi73.com数据，VarScan识别和过滤基于，读计数，基本品质和等位基因频率的生殖细胞变异体。

为肿瘤对正常的数据，VarScan也决定了每个变体状态（种系，体，或LOH），读计数样本之间的比较。

下面是一些主要特点“VarScan”：

·呼叫SNP和INDELS SAMtools堆积的文件
·过滤器变种的覆盖面，阅读深度，突变频率，基本品质
·确定肿瘤一般对身体状况（体细胞，生殖系，LOH）
·比较，合并，相交的两个列表的变种
·限制变种调用一组目标位置或目标区域

要求：

·的Java

此版本中的新功能：

·，基因型质量（GQ）VCF输出计算的校正的方式。 0 - LOG10（p_value），但正确的计算结果为0 - 10 * LOG10（p_value，）
VCF输出的变化，特别是对INDELS，以满足VCF的规格标准
·提供一个新的选项调用使用mpileup文件（ - 的VCF样本列表的多个样品时，样品名称的文件）