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一个小工具，用于计算基因树的概率

煤炭项目的开发是一个小工具，基因树的概率计算和模拟基因在物种树的树木下的聚结的模型。

下面是一些主要特点的“煤”：

·计算概率的基因树的拓扑结构给定一个固定的物种树的分支长度在成膜助剂单位（分两次有效群体大小的二倍体人口的世代数）。

·这两种树木被假定为分叉，虽然物种树的神器出山:www.shenqi73.com分支长度可以设置为0来解决这个问题。

·多个人（或零）采样种内是允许的，但符号是具体的个人标签应该是一个连字符，然后是一个数字的物种名称。例如，如果A是一个物种的名称，然后基因采样，从A被称为A-1，A-2，等等。

·有三个输入文件：一个物种树Newick格式文件与物种树的基因树的文件，Newick格式与基因树和命令的输入文件包括物种和基因树的文件的名称，数量分类群和输出选项。

·输出选项允许上市成膜助剂的历史。如果是这样的话，象征性的基因树的概率公式可以在P_ {UV}条款（见本文）。其他选项包括打印基因树的拓扑结构，计算累积概率基因在每个物种树树，和计数的聚结剂的历史。请参阅帮助文件的各种选项。

·的基因树可以模拟内物种树。目前这仅限于种情况下，每一个基因在物种树需要不断的人口规模。基因树生成的，这样子树是旋转唯一。例如，如果（（A，B），C）是一个子树，（C，（A，B））将不会产生。